View Artikel Ilmiah
Kembali| NIM (Student Number) | A1L012149 |
|---|---|
| Nama Mahasiswa | RICKY YULIAWAN SIGMATIKA |
| Judul Artikel | HUBUNGAN KEKERABATAN JERUK LOKAL DENGAN ANALISIS CAPS MENGGUNAKAN KOMBINASI PRIMER trnL-trnF DAN MatK2 DENGAN ENZIM RESTRIKSI TaqI DAN HinfI |
| Abstrak | Indonesia memiliki banyak keragaman jeruk dilihat dari jumlah unit taksonomi yang ada. Keragaman jeruk di Indonesia belum diketahui pasti apakah merupakan keragaman genetik. Studi tentang keragaman perlu dilakukan untuk mengetahui tingkat keragaman dan kekerabatan antar jeruk lokal. Penelitian ini bertujuan untuk: 1) mengkaji kombinasi primer trnL-trnF dan MatK2 dengan enzim restriksi TaqI dan HinfI dalam menganalisis kekerabatan antar genotip jeruk lokal, 2) mengkaji keragaman genetik jeruk lokal menggunakan kombinasi primer trnL-trnF dan MatK2 dengan enzim restriksi TaqI dan HinfI, dan 3) mengkaji hubungan kekerabatan antar jeruk lokal dengan penanda CAPS menggunakan kombinasi primer trnL-trnF dan MatK2 dengan enzim restriksi TaqI dan HinfI. Penelitian dilakukan mulai Oktober 2015 sampai Februari 2016 di Laboratorium Pemuliaan Tanaman dan Bioteknologi Fakultas Pertanian dan Laboratorium Genetika Molekuler Fakultas Biologi Unsoed. Penelitian ini menggunakan tiga kombinasi primer dan enzim restriksi. Kombinasi yang digunakan yaitu trnL-trnF dengan HinfI, MatK2 dengan TaqI, dan MatK2 dengan HinfI. Nilai Polymorphic Information Content (PIC) rata-rata dari tiga kombinasi yang digunakan sebesar 0,48 dan termasuk dalam kategori cukup informatif. Penelitian ini menghasilkan empat klaster utama yaitu citron, mandarin, pamelo, dan kumquat. Klaster citron memiliki dua subklaster, subklaster pertama meliputi C. microcarpa 1, dan C. aurantifolia 1 dan subklaster kedua C. limonia 1, C. hystrix 1, C. limonia 2, C. aurantifolia 2, C. microcarpa 2, dan C. hystrix 2. Klaster mandarin memiliki dua subklaster, subklaster pertama C. nobilis 1, C. reticulata 1, C. sinensis, C. nobilis 2, C. nobilis 3, C. nobilis 4, C. reticulata 3, dan C. reticulata 4. Subkelas kedua hanya C. sinensis 3. Klaster pamelo terdapat C. maxima 1, C. maxima 2, C. reticulata 2, C. maxima 3, dan C. maxima 4. Klaster kumquat hanya terdapat spesies F. japonica. |
| Abstrak (Inggris) | Indonesia possesed a high citrus diversity based on the total taxonomy unit. It is still unsure whether the Citrus diversity in Indonesia categorized into genetic diversity. The study of diversity is needed to know the diversity level and phylogenetic among the local Citrus. This study was aimed to assess the primer combinations of trnL-trnF and MatK2 with restriction enzymes consisted of TaqI and HinfI for analyzing the phylogenetic among the local Citrus genotype, to study genetic diversity of Citrus local genotype, and assess the phylogenetic relationship between a local orange using CAPS markers. The study was conducted from October 2015 to February 2016 in Laboratory of Plant Breeding and Biotechnology and Laboratory of Genetics and Molecular, Faculty of Biology, University of Jenderal Soedirman (Unsoed). Three combination of primer and restriction enzyme were used in this research. The combinations were consisted of trnL-trnF with HinfI, MatK2 with TaqI, and MatK2 with HinfI. Polymorphic Information Content (PIC) value of three combination is 0,48 and included in category reasonably informative. The combinations generated four main clusters, namely citron, mandarin, pummelo, and kumquat. Citron had two subclasters, the first subcluster was C. microcarpa 1, and C. aurantifolia and second subcluster included limonia C. 1, C. hystrix 1, C. Limonia 2, C. aurantifolia 2, C. microcarpa 2, and C . hystrix 2. Mandarin cluster had two subclusters, there first subcluster was 2 C. sinensis, C. nobilis 2, C. nobilis 4, C. reticulata 3, and 4 are reticulata C. 4 C. maxima and C. sinensis 3 and second subclusters were C. maxima and C. sinensis 4. Pummelo cluster had two subclasters, there first subclaster was C. nobilis 1 and C. reticulata and second subclasters were C. maxima 1, C. maxima 2, C. reticulata 2, and C. maxima 3. kumquat Cluster only consisted of Fortunella japonica species. |
| Kata Kunci | Citrus, genetic diversity, phylogenetic, CAPS, PIC. |
| Nama Pembimbing 1 | Prita Sari Dewi, S.P., M.Sc., Ph.D. |
| Nama Pembimbing 2 | Sapto Nugroho Hadi, S.Si., M. Biotech. |
| Tahun | 2016 |
| Jumlah Halaman | 15 |
Page generated in 0.0545 seconds.