View Artikel Ilmiah
Kembali| NIM (Student Number) | A1L012147 |
|---|---|
| Nama Mahasiswa | ANDREW ERDO PRADANA NAINGGOLAN |
| Judul Artikel | ANALISIS FILOGENETIK BERBAGAI MACAM JERUK LOKAL DI INDONESIA BERDASARKAN SEKUEN GEN KLOROPLAS matK2 |
| Abstrak | Jeruk merupakan buah yang populer dan sering dijumpai di berbagai wilayah di Indonesia bahkan sampai mancanegara. Adanya poliembrioni, hibridisasi dan kompatibilitas antar genus Citrus menjadi penyebab tingginya keragaman genetik jeruk, sehingga menyulitkan dalam identifikasi asal-usul jeruk dan kekerabatan jeruk. Di Indonesia terdapat beragam jenis jeruk yang tidak diketahui asal-usulnya dan seolah-olah asli daerah tersebut. Pendekatan melalui kajian molekuler seperti sequencing dapat membantu dalam mengidentifikasi hubungan kekerabatan jeruk lokal Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk : 1) mengkaji kemampuan gen matK dalam karakterisasi runtutan basa nukleotida, khususnya pada tanaman jeruk lokal Indonesia, 2) mengkaji hubungan kekerabatan jeruk-jeruk lokal Indonesia berdasarkan runtutan basa nukleotida gen matK, dan 3) menduga tetua asal dari genotip jeruk yang diuji. Penelitian dilaksanakan dari bulan Oktober 2015 sampai Febuari 2016 di Laboratorium Pemuliaan Tanaman dan Bioteknologi, Fakultas Pertanian, dan Laboratorium Genetika Molekuler, Fakultas Biologi, Universitas Jenderal Soedirman, Purwokerto. 24 genotip sampel jeruk lokal Indonesia diamplifikasi dengan gen matK2 dan kemudian di-sequencing. Hasil penelitian menunjukkan 24 genotip sampel DNA jeruk teramplifikasi dengan baik, dan memiliki panjang ±650 basa. Analisis blastn menunjukan kemiripan 99% dengan Citrus sp. Primer matK2 terbukti mempunyai kemampuan yang baik sebagai pembeda antar karakter jeruk. Hasil rekonstruksi hubungan kekerabatan membagi 24 genotip sampel jeruk ke dalam tiga klaster utama, yaitu mandarin, pumelo dan citron. Sebagian besar sampel jeruk yang digunakan masuk kedalam klaster yang sesuai dengan literatur, namun ada beberapa pengecualian seperti yang terjadi pada Citus sinensis. Adanya pengaruh maternal effect menjadi faktor terbesar dalam pembagian klaster dalam penelitian ini. |
| Abstrak (Inggris) | Citrus are popular fruits and commonly found in various regions in Indonesia and other part of the worrld. However, polyembryony, hybridization, and sexual compatibility among Citrus spesies increase genetic variation of Citrus. Therefore, it is difficult to identify the origins and relationship of Citrus. In Indonesia, there are many varieties of Citrus which origins are unknown and the place they are found is considered to be their origins. Using the approach through molecular studies like sequencing could help identify the relation of the Indonesian local Citrus relationship. This research has purposes: 1) to examine the ability of matK gene in characterizing nucleotide sequence, especially to the Indonesian local Citrus, 2) to examine the relationship of the Indonesian local Citrus relationship based on matK2 gene nucleotide sequence, and 3) to presume the origins from the tested Citrus genotype. The research was conducted from October 2015 until February 2016 at Plant Breeding and Biotechnology Laboratory, Faculty of Agriculture, and Molecular Genetics Laboratory, Faculty of Biology, Jenderal Soedirman University, Purwokerto. 24 genotype samples of the Indonesian local Citrus were amplified with matK2 gene, and those samples were sequenced. The result showed that 24 genotype samples of their DNA were well amplified and the length was ±650 bp. Blastn analysis showed a 99% similarity to Citrus sp. MatK2 primer proved to be able to differentiate Citrus characteristics. The result of reconstruction on analysis divided 24 genotype samples of Citrus into three main clusters. They were mandarins, pumelo, and citron. Most of the Citrus genotype belonged to the appropriate clusters. However, there were some exceptions such as for C. sinensis. The influence of maternal effect was the main factor in dividing clusters for this research. |
| Kata Kunci | Jeruk, sequencing, matK2 filogenetik |
| Nama Pembimbing 1 | Prita Sari Dewi, S.P., M.Sc., Ph.D. |
| Nama Pembimbing 2 | Sapto Nugroho Hadi, S. Si., M. Biotech. |
| Tahun | 2016 |
| Jumlah Halaman | 15 |
Page generated in 0.0454 seconds.