View Artikel Ilmiah

Kembali
NimH1H013007
NamamhsPUTRI DHIKA BASANI
Judul ArtikelUJI SPESIFISITAS DAN SENSITIFITAS TEKNIK Polymerase Chain Reaction (PCR) UNTUK MENDETEKSI Aeromonas hydrophila-BAKTERI PATHOGEN PADA IKAN
AbstrakAeromonas hydrophila merupakan bakteri gram negatif yang bersifat oportunistik yang menyebabkan penyakit haemorrhagic septicaemia pada saat kondisi ikan stres. Dalam bidang perikanan teknik PCR telah digunakan untuk deteksi penyakit ikan, salah satunya bakteri. Teknik tersebut telah berhasil digunakan untuk mendeteksi bakteri Aeromonas hydrophila pada ikan, namun dihasilkan fragmen DNA yang tidak spesifik. Selain itu, sensitifitas metode ini juga belum diketahui. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui tingkat spesifisitas dan tingkat sensitifitas teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk mendeteksi Aeromonas hydrophila. Penelitian ini dilakukan dengan metode eksperimen eksploratif. Uji Spesifisitas PCR dilakukan dengan amplifikasi DNA Aeromonas hydrophila dengan menggunakan 3 master mix yang berbeda. Uji sensitifitas dilakukan dengan optimasi suhu annealing dan menerapkan teknik PCR pada beberapa konsentrasi bakteri yang berbeda. Gambar gel agarose yang diperoleh kemudian diuraikan secara deskriptif untuk menunjukkan spesifisitas dan sensitifitas teknik PCR yang digunakan. Hasil uji spesifisitas menunjukkan bahwa teknik PCR menggunakan reagen PCR master mix 1 dan 2 lebih spesifik. Sedangkan PCR master mix 3 lebih sensitif karena menghasilkan pita yang lebih tebal, sehingga digunakan untuk uji sensitifitas. Optimasi suhu annealing antara 47 – 55°C dapat menunjukkan pita sesuai target dengan pita lebih tebal pada suhu 55°C. Uji sensitifitas menunjukkan teknik PCR dapat mendeteksi suspensi bakteri Aeromonas hydrophila hingga kepadatan bakteri 1,9 x 103 CFU/mL.
Abstrak (Inggris)Aeromonas hydrophila is an opportunistic gram-negative bacteria that causes haemorrhagic septicemia disease in fish, especially under stress. In aquaculture PCR techniques have been used for the detection of fish pathogen, including bacteria. The technique has been successfully used to detect Aeromonas hydrophila bacteria in fish, but non-specific DNA fragments are occasionally produced. In addition, the sensitivity of this method is also rarely known. The aim of this research is to know the level of specificity and sensitivity of Polymerase Chain Reaction (PCR) technique to detect Aeromonas hydrophila. This research is done by explorative experiment method. The PCR specificity test was performed by DNA amplification of Aeromonas hydrophila using 3 different master mix kits. The sensitivity test was performed by optimizing annealing temperatures and applying PCR techniques to different concentrations of bacteria. The obtained agarose gel image is then described descriptively to show the specificity and sensitivity of the PCR technique. Test of specificity results showed that PCR technique using reagent PCR master mix 1 and 2 more specific. While PCR master mix 3 is more sensitive because it produces a thicker band, so it is used for sensitivity test. Annealing temperature optimization between 47 - 55 ° C may show the target band with the thickest band at 55 ° C. Test of sensitivity showed that PCR technique could detect bacterial suspension of Aeromonas hydrophila to a density of 1,9 x 103 CFU / mL.
Kata KunciAeromonas hydrophila, Polymerase Chain Reaction (PCR), spesifisitas, sensitifitas
Nama Pembimbing 1Dr. rer.nat. Hamdan Syakuri, S.Pi., M.Si
Nama Pembimbing 2Dewi Nugrayani, S.Pt., M.Sc
Tahun2017
Jml halaman13
Page generated in 0.0707 seconds.