View Artikel Ilmiah

Kembali
NIM (Student Number)A1L013087
Nama MahasiswaKANTI YULIANI
Judul ArtikelANALISIS KERAGAMAN GENETIK DAN FILOGENETIK KENTANG (Solanum tuberosum) BERDASARKAN PENANDA MOLEKULER RAPD (RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA) DAN SSR (SIMPLE SEQUENCE REPEAT)
AbstrakPenelitian ini bertujuan untuk menentukan primer RAPD dan SSR yang sesuai dan mengetahui keragaman genetik dan filogenetik kentang. Penelitian ini telah dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan Tanaman dan Bioteknologi Fakultas Pertanian Universitas Jenderal Soedirman. Waktu pelaksanaan penelitian dari November 2016 – Juli 2017. Penelitian menggunakan sampel yang diambil dari pertanaman kentang di Banjarnegara dan Wonosobo. Sampel diekstraksi menggunakan metode CTAB dengan modifikasi. DNA hasil ekstraksi selanjutnya dikuantifikasi dan dikualifikasi menggunakan elektroforesis pada gel agarosa 1 % dan 3 % yang direndam dalam EtBr (Etidium Bromida). PCR dilakukan menggunakan komponen dan siklus sesuai hasil optimasi yang telah dilakukan. Hasil PCR diskoring setiap primer dengan memberikan notasi 1 pada pita yang muncul dan 0 untuk yang tidak muncul. Data tersebut digunakan untuk menghitung tingkat polimorfisme setiap primer. Pohon filogenetik dibentuk menggunakan metode UPGMA (unweighted pair-group method with arithmetic) dengan aplikasi Mega 6.06. Berdasarkan hasil pola pita tiga primer RAPD dan dua primer SSR diperoleh 34 pola pita dengan rata-rata persentase polimorfik sebesar 63 %. Lima primer yang digunakan menghasilkan satu primer informatif yaitu OPX 04 dengan PIC sebesar 0,54, sedangkan empat primer lainya kurang informatif yaitu OPJ 13, OPG 13, STM 3012, dan RGH 48 dengan PIC berturut-turut 0,46; 0,31; 0,26; 0,09. Berdasarkan konstruksi pohon filogenetik aksesi kentang terbagi menjadi dua klaster utama pada koefisien jarak 0,27. Klaster pertama terdiri atas Ungu, MZ, Granola L., Merah, Lokal Dieng, Gareta Vega NH2, NH1, Klon 17, dan Bliss, sedangkan klaster kedua terdiri atas X dan Margahayu.
Abstrak (Inggris)This study aimed to determine the appropriate of RAPD and SSR primer and to find out the genetic diversity and phylogenetic of potatoes.This research was carried out at the Laboratory of Plant Breeding and Biotechnology the Faculty of Agriculture, University of Jenderal Soedirman from November 2016 - July 2017.This study used leaf samples from potatoes crops at Banjarnegara and Wonosobo. Total genomic DNA from each sample was isolated by modified CTAB method. Quantification and qualification DNA was done by electrophoresis using 1% agarose gel and stained by ethidium bromide. PCR was performed using components and cycles according to the optimization results that have been done. The amplified bands were scored 1 for present and 0 for absent. These were used to estimate polymorphic loci. Phylogenetic tree were established based on an UPGMA (unweighted pair-group method with arithmetic) using the software Mega version 6.06. The genomic DNA of 13 potato accession was amplified with three RAPD primers and two SSR primers that generated 63 % polymorphic from 34 allels. Five primers which used produced one informative primer, that was OPX 04 with PIC of 0.54, while four other primers were less informativ, that were OPJ 13, OPG 13, STM 3012, and RGH 48 with PIC 0.46; 0.31; 0.26; 0.09. Meanwhile, based on the construction of phylogenetic tree accession potato is divided into two main clusters on the coefficient of distance 0.27. The first cluster consists of Ungu, MZ, Granola L., Merah, Local Dieng, Gareta, Vega, NH2, NH1, Klon 17, and Bliss, while the second cluster consists of X and Margahayu.
Kata KunciPotato, RAPD, SSR, genetic diversity, filogenetic
Nama Pembimbing 1Dr. Ir. Rostaman, M. Si.
Nama Pembimbing 2Sapto Nugroho Hadi, S. Si., M. Biotech.
Tahun2017
Jumlah Halaman15
Page generated in 0.0522 seconds.