View Artikel Ilmiah
Kembali| NIM (Student Number) | B1J012051 |
|---|---|
| Nama Mahasiswa | DWI RIZKY OKTARIANI |
| Judul Artikel | KERAGAMAN ACTINOMYCETES PENGHASIL ANTIBAKTERI UNTUK Klebsiella pneumoniae, Salmonella typhi, DAN Vibrio sp. DENGAN METODE MULTIPLEX PCR |
| Abstrak | Actinomycetes merupakan kelompok bakteri Gram positif dengan kandungan GC yang tinggi. Bakteri ini berfilamen dan dikenal mampu menghasilkan berbagai produk metabolit termasuk antibiotik. Senyawa antibiotik yang dihasilkan actinomycetes disintesis oleh klaster gen Non Ribosomal Peptide Synthetase (NRPS) dan Polyketide synthases (PKS). Tujuan dari penelitian ini adalah memperoleh isolat actinomycetes dari berbagai sumber yang mampu menghambat bakteri Gram negatif patogen, yaitu Klebsiella pneumoniae, Salmonella typhi, dan Vibrio sp. dan mengetahui keragamannya berdasarkan keragaman gen NRPS dan PKS dengan metode multiplex Polimerase Chain Reaction (PCR). Penelitian ini dilakukan menggunakan metode survei. Penelitian ini diawali dengan melakukan isolasi actinomycetes dari sampel tanah limbah rumah sakit, tanah gua, pasir pantai, rumput laut, dan simbion rumput laut. Isolat yang mencirikan actinomycetes diuji daya penghambatanya terhadap bakteri Gram negatif patogen. Isolat yang memiliki kemampuan menghambat bakteri patogen kemudian dilakukan isolasi DNA, dan amplifikasi gen NRPS dan PKS dengan metode multiplex PCR. Data hasil PCR dianalisis secara deskriptif, dan dilakukan analisis klaster dengan metode Unweighted-Pair Group Method with Arithmetic Means (UPGMA) menggunakan program Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) untuk mengetahui keragaman genetiknya. Sebanyak 15 isolat actinomycetes berhasil diisolasi dan sebanyak 3 isolat mampu menghambat K. pneumoniae (isolat SW4, SW5, SB3), 1 isolat mampu menghambat S. typhi (isolat PT1), dan 1 isolat mampu menghambat Vibrio sp. (isolat SW3). Nilai keragaman actinomycetes berdasarkan gen NRPS yaitu 0,776, sementara berdasarkan gen PKS, nilai keragamannya yaitu 0,820. Hasil analisis filogenetik berdasarkan gen NRPS, kelima isolat actinomycetes dapat dikelompokan menjadi 4 kelompok yaitu kelompok 1 (isolat PT1 dan SW5), kelompok 2 (isolat SW4), kelompok 3 (isolat SW3), dan kelompok 4 (isolat SB3), sementara berdasarkan gen PKS, actinomycetes dikelompokan menjadi 3 kelompok yaitu kelompok 1 (isolat PT1 dan SW5), kelompok 2 (isolat SW3), dan kelompok 3 (isolat SW4 dan SB3). |
| Abstrak (Inggris) | Actinomycetes are a group of Gram-positive bacteria with high GC content. These filamentous bacteria are known to produce various products of metabolites including antibiotics. Antibiotic compounds produced by actinomycetes are synthesized by Non Ribosomal Peptides Synthetase (NRPS) and Polyketide synthases (PKS) gene clusters. This study aims to obtain actinomycetes from various source that capable to inhibit Gram negative pathogen Klebsiella pneumoniae, Salmonella typhi, and Vibrio sp. and to know it’s diversity based on NRPS and PKS genes diversity by multiplex Polymerase Chain Reaction (PCR) method. The study was carried out using survey method. This study began by isolating actinomycetes from samples. Actinomycetes isolates then tested against Gram-negative pathogens. Isolates that had the ability to inhibit the pathogenic bacteria then performed DNA isolation and multiplex PCR on the NRPS and PKS genes. PCR results data then analyzed descriptively, and then carried out cluster analysis with Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic Means (UPGMA) method using Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software. Isolation of actinomycetes has yielded 15 isolates, 3 isolates were able to inhibit K. pneumoniae (SW4, SW5, SB3), 1 isolate inhibit S. typhi (PT1), and 1 isolate was able to inhibit Vibrio sp. (SW3). Diversity value based on NRPS gene was 0,776, while based on PKS gene was 0,820.The result showed that the diversity of 5 actinomycetes isolates based on NRPS gene could be grouped into 4 groups: group 1 (PT1, SW5), group 2 (SW4), group 3 (SW3), group 4 (SB3), while based on PKS genes, the isolates could be grouped into 3 groups: group 1 (PT1, SW5), group 2 (SW3), group 3 (SW4, SB3). |
| Kata Kunci | Actinomycetes, multiplex PCR, keragaman genetik, gen NRPS dan PKS |
| Nama Pembimbing 1 | Saefuddin Aziz, S.Si., M.Si. |
| Nama Pembimbing 2 | Dra. Dini Ryandini, M.Si. |
| Tahun | 2016 |
| Jumlah Halaman | 10 |
Page generated in 0.0568 seconds.