View Artikel Ilmiah
Kembali| NIM (Student Number) | B1J014031 |
|---|---|
| Nama Mahasiswa | UHO BAIHAQI |
| Judul Artikel | IDENTIFIKASI MOLEKULER DAN DESAIN PRIMER GEN ENDO 1,4 β-XILANASE SPESIES AKTINOMISETES |
| Abstrak | Aktinomisetes termasuk bakteri Gram positif, filamentus dan membentuk spora yang mampu menghasilkan berbagai jenis senyawa bioaktif, yang dapat diaplikasikan sebagai antibiotik, herbisida, pestisida, maupun sebagai sumber enzim, salah satunya xilanase. Xilanase merupakan kelompok enzim ekstraselular yang memiliki kemampuan menghidrolisis hemiselulosa (xilan) menjadi xilosa dan xilooligosakarida. Aktinomisetes penghasil xilanase memiliki peranan penting dalam industri enzim, khususnya industri pulp dan kertas. Xilanase dapat mereduksi penggunaan alkalin dan klorin yang digunakan sebagai agen pemutih kertas. Tujuan penelitian adalah untuk mengetahui isolat aktinomisetes laut yang mampu menghasilkan xilanase secara kualitatif, mengetahui hubungan kekerabatan antar spesies aktinomisetes penghasil xilanase dan mendesain primer gen endo 1,4 β-xilanase aktinomisetes. Penelitian dilakukan menggunakan metode survei secara deskriptif yang mencakup karakterisasi fenetik dan molekuler isolat aktinomisetes. Data fenetik yang diperoleh dibandingkan dengan buku identifikasi bakteri Bergey’s Manual Determinative of Bacteriology dan pohon filogenetik untuk mengetahui tingkat kekerabatan antar spesies berdasarkan sekuen gen 16S rRNA yang dianalisis menggunakan program MEGA7. Gen endo 1,4 β-xilanase diidentifikasi menggunakan desain primer degenerate. Hasil penelitian menunjukkan semua isolat aktinomisetes memiliki kemampuan aktivitas xilanolitik dan tiga isolat aktinomisetes W-1B, P-7H, dan P-6G berurutan memiliki IAX tinggi yaitu 4,30 cm; 3,96 cm dan, 3,57 cm. Berdasakan hubungan kekerabatan dari ketiga isolat aktinomisetes (W-1B, P-7H, dan P-6G) berbeda jauh. Isolat W-1B memiliki hubungan kekebarabatan sebesar 92% dengan Strepomyces sp. KP12, isolat P-7H memiliki hubungan kekerabatan sebesar 89% dengan Streptomyces clavuligerus strain LCB69, dan isolat P-6G memiliki hubungan kekerabatan sebesar 94% dengan Streptomyces sp. USC036. Bedasakan Desain primer gen endo 1,4 β-xilanase aktinomisetes menghasialkan 2 pasang primer degenerate. Primer pertama (249F & 1003R) menghasilkan amplikon sebesar 749 bp, sedangkan primer kedua (249F & 1222R) menghasilkan amplikon sebesar 973 bp. |
| Abstrak (Inggris) | Actinomycetes are Gram positive bacteria, filamentous and spores forming that are able to produce various types of bioactive compounds, which can be applied as antibiotics, herbicides, pesticides, or as source of enzymes, one of them is xylanase. Xylanase is a group of extracellular enzymes that have the ability to hydrolyze hemicellulose (xylan) to xylose and xylooligosaccharide. Xylanase-producing actinomycetes have an important role in the enzyme industry, especially the pulp and paper industry. Xylanase can reduce the use of alkaline and chlorine used as paper whitening agents. The objectives of this study are to determine marine actinomycetes isolates that were able to qualitatively produce xylanase, determine the relationship between xylanase-producing actinomycetes species and designed the primary endo gene 1,4 β-xylanase actinomycetes. The study was conducted using descriptive survey methods which included phenetic and molecular characterization of actinomycetes isolates. Phenetic data obtained were compared with Bergey's Manual Determinative of Bacteriology and phylogenetic trees to determine the genetic relationship level between species based on the 16S rRNA gene sequence analyzed using MEGA7 program. Endo 1,4 β-xylanase gene was identified using a primary degenerate design. The results showed that all actinomycetes isolates had the ability of xylanolytic activity and three sequential actinomycetes isolates W-1B, P-7H, and P-6G had a high IAX of 4.30 cm; 3.96 cm and 3.57 cm. Based on phylogenetic relationship of these three isolates of actinomycetes (W-1B, P-7H, and P-6G) differ greatly. Isolate W-1B has a relationship of 92% with Strepomyces sp. KP12, isolate P-7H had a relationship of 89% with Streptomyces clavuligerus strain LCB69, and P-6G isolate had a relationship of 94% with Streptomyces sp. USC036. Feel the primary design of the endo gene 1,4 β-xylanase actinomycetes leaves 2 primary degenerate pairs. The first primary (249F & 1003R) produced an amplicon of 749 bp, while the second primary (249F & 1222R) produced an amplicon of 973 bp. |
| Kata Kunci | Aktinomisetes, xilanase, 16S rRNA, endo 1,4 β-xilanase |
| Nama Pembimbing 1 | Dr. Oedjijono, M.Sc. |
| Nama Pembimbing 2 | Ari Asnani, S.Si., M.Sc., Ph.D. |
| Tahun | 2018 |
| Jumlah Halaman | 16 |
Page generated in 0.0605 seconds.